Kẻ thù của kỳ lân biển bên cạnh con người là gấu bắc cực và cá voi sát thủ (Orca). Người Inuit (Eskimo) được cho phép để săn các loài cá voi hợp pháp để phục vụ đời sống. Hầu như tất cả các phần của thịt kỳ lân biển, da, mỡ và các cơ quan được tiêu thụ.[7] Đối với người Inuit trên đảo Greenland, kỳ lân biển cung cấp lượng vitamin C nhờ lớp mỡ và da phía ngoài, một loại vitamin được coi là hiếm ở trên vùng đất khắc nghiệt này. Nếu không có chúng, có lẽ những người Inuit đã không thể tồn tại được. Người dân đảo Greenland được chính quyền cho phép săn kỳ lân biển, nhưng không được phép săn con cái và phải mang xác đi sau khi giết chúng. Greenland cấm xuất khẩu ngà kỳ lân biển và Liên minh châu Âu cũng cấm nhập khẩu loại hàng quý hiếm này. Tuy nhiên, nhiều người vẫn hy vọng bắn được một con kỳ lân biển có ngà có thể bán được hơn 1.000 USD[cần dẫn nguồn]. Ngoài ra, các thợ săn cũng trông chờ lấy được phần mà họ gọi là "muktuk", nằm phía trên mỡ và da, có giá trị như một món cao lương mỹ vị truyền thống.

Thời Trung cổ, ngà kỳ lân biển có giá trị bằng vàng tương đương 10 lần khối lượng nó. Nữ hoàng Elizabeth I từng được tiến cống một ngà được chạm khắc đá quý với giá trị 10.000 bảng Anh (khoảng 1,5 đến 2,7 triệu bảng Anh năm 2007), đủ để mua một tòa lâu đài. Hiện nay một đoạn ngà dài 30 cm cũng có giá đến 125 USD[cần dẫn nguồn]. Trong những năm gần đây, trung bình mỗi năm khoảng 500 con kỳ lân biển ở vùng Bắc Cực Canada bị giết.[18]

Kỳ lân biển được xem là một trong các động vật có vú biển Bắc cực dễ bị tổn thương nhất với biến đổi khí hậu.[4][19] Kỳ lân biển được đưa vào nuôi nhốt có xu hướng chết vì nguyên nhân tự nhiên.[20]